1. Настройка аккаунты: хорошо описано тут - kulakowka.com/%D0%B4%D0%BE%D0%BA%D1%83%D0%BC%D0...
Приведу пример своего файла ~/.gitconfig
[alias]
st = status
ci = commit
di = diff
co = checkout
br = branch
[user]
name = Joshuan
email = www@fabricadc.ru
[color]
branch = auto
diff = auto
interactive = auto
status = auto
[core]
editor = mcedit
2. Иметь в репозитории .htaccess файлы, получать их при клонировании, но изменяя локально, не отправлять их на сервер решается добавление индекса:
git update-index —assume-unchanged public_html/.htaccess